โปรตอนเป็นอนุภาคมูลฐานหรือพื้นฐานของอะตอมทุกชนิดบนโลกนี้ โดยโปรตอนจะอยู่รวมกับนิวตรอนที่บริเวณนิวเคลียสของอะตอมเรียกว่า “นิวคลีออน” และนิวคลีออนนี้จะตั้งอยู่บริเวณตรงกลางของอะตอม โดยมีอิเล็กตรอนเคลื่อนที่อยู่รอบนิวคลีออนเราเรียกโครงสร้างนี้ว่าอะตอมนั่นเอง
จำนวนโปรตอนที่มีอยู่ในอะตอมจะมีจำนวนเท่ากับอิเล็กตรอนในโมเลกุลที่เสถียร โปรตอนมีความสำคัญเป็นอย่างมากเพราะโปรตอนเป็นสารที่ทำการยึดเหนี่ยวอิเล็กตรอนไว้ด้วยประจุไฟฟ้า เนื่องจากโปรตอนมีประจุไฟฟ้าที่เป็นบวกรวมตัวกับนิวตรอนที่มีประจุไฟฟ้าที่เป็นกลาง โปรตอนจึงมีหน้าที่เป็นตัวทำประจุให้แก่นิวคลีออนนั่นเอง และเป็นตัวสร้างแรงจับหรือยึดเหนี่ยวอิเล็กตรอนที่มีประจุเป็นลบไว้เกิดเป็นอะตอมขึ้นมา นอกจากจะเป็นตัวยึดเหนี่ยวอิเล็กตรอนแล้วโปรตอนยังเป็นตัวกำหนดคุณสมบัติทางไฟฟ้าให้แก่อะตอมด้วย โดยถ้าจำนวนโปรตอนในอะตอมมากกว่าจำนวนอิเล็กตรอนอะตอมจะมีค่าประจุไฟฟ้าเป็นบวก แต่ถ้ามีจำนวนโปรตอนน้อยกว่าจำนวนอิเล็กตรอนจะมีค่าประจุไฟฟ้าเป็นลบ
นอกจากจะเป็นตัวระบุคุณสมบัติทางไฟฟ้าแล้วยังเป็นตัวกำหนดคุณสมบัติทางเคมีอีกด้วยคือ สำหรับสสารที่มีจำนวนโปรตอนมากกว่าจำนวนอิเล็กตรอนแสดงว่าสสารนั้นมีคุณสมบัติเป็นกรด คือเป็นสสารที่พร้อมจ่ายโปรตอน แต่สำหรับสสารที่มีจำนวนโปรตอนน้อยกว่าอิเล็กตรอนแสดงว่าสสารนั้นมีคุณสมบัติเป็นเบส คือเป็นสสารที่ต้องการโปรตอนนั่นเอง นอกจากนี้จำนวนโปรตอนยังใช้เป็นตัวหาชนิดของธาตุได้ เพราะว่าจำนวนโปรตอนมีค่าเท่ากับเลขอะตอมและจำนวนโปรตอนรวมกับจำนวนนิวตรอนมีค่าเท่ากับมวลอะตอม และค่าเลขอะตอมและมวลอะตอมเป็นค่าเฉพาะตัวของแต่ละธาตุ ดังนั้นเมื่อเราทราบจำนวนโปรตอนของธาตุโดยที่ไม่รู้ชนิดของธาตุเราจะสามารถระบุชนิดของธาตุได้ เช่น เราทราบธาตุ X มีจำนวนโปรตอนเท่ากับ 12 และมีเลขอะตอมเท่ากับ 23 แสดงว่าธาตุนั้นคือ Mg แมกนีเซียมนั่นเอง นอกจากนั้นเรายังใช้โปรตอนในการสร้างพลังงานอีกด้วย จากการทำปฏิกิริยาฟิชชั่นและฟิวชั่นของอะตอมเพื่อทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงโปรตอนในอะตอมเมื่อการเปลี่ยนแปลงของโปรตอน ในบางปฏิกิริยานั้นก็จะเกิดการปล่อยพลังงานออกมา
จะเห็นว่าโปรตอนเป็นส่วนที่เล็กที่สุดของอะตอม แต่ทว่าส่วนที่เล็กที่สุดนี้เป็นส่วนที่สำคัญที่สุดเช่นเดียวกัน เพราะโปรตอนเพียงชนิดเดียวสามารถทำให้เราทราบถึงคุณสมบัติต่างของธาตุและอะตอมได้ทั้งหมดเรียกได้ว่าถึงจะเล็กแต่เล็กพริกขี้หนูขนานแท้ และด้วยความสำคัญต่างๆ ที่ได้กล่าวมาทั้งหมดนี้ทำให้เหล่าบรรดานักวิทยาศาสตร์เองต่างก็ให้ความสนใจในตัวของอนุภาคโปรตอนเป็นอย่างมาก เราจึงมักจะได้ยินคำนี้อยู่บ่อยๆ ในเชิงวิทยาศาสตร์และมันก็เป็นสิ่งที่สร้างความสำคัญให้กับโลกใบนี้ได้อย่างมากมายเลยทีเดียวสำหรับโปรตอน